Awalnya MTs ini didirikan pada tahun 1999 oleh KH. Khoeruddin Aly,M.Pd.I selaku pimpinan Pondok Pesantren Nurul Iman setelah mendengar, memperhatikan saran, usul pendapat dan tuntunan dari masyarakat sekitar Cibaduyut, yang berkeinginan mengembangkan pondok pesantren, yang tadinya hanya melayani pendidikan nonformal (salafi) menjadi pesantren plus pendidikan formal untuk tingkat MTs/SMP. Usulan tersebut mendapat respon positif dari pengurus pondok pesantren, dan masyarakat sekitarnya. Akhirnya pada bulan Juli didirikan dan dimulailah awal tahun pelajaran 1999/2000 di madrasah MTs Nurul Iman dibawah naungan Yayasan Pendidikan Islam dan Pondok Pesantren Nurul Iman setelah melewati proses perizinan dari kemenag, adapun para guru, tokoh perintis pengembangan MTs Nurul Iman antara lain : KH.Drs.Khoeruddin Aly,M.Pd.I, Bapak H.Endang Ronia (Alm), H.Entang Endih, Encep Rachman,S.Pd, Shofwan Aly, M.Pd.I , Rusdiono, S.Ikom, Iskandar, S.Ag, Nur Hidayat.SE, Drs.Enjang Sunandar, H.Aom Mukarom,BA, Diah Mardiah,S.Pd dan Asep Kurniawan,S.Pd.I